La prima edizione della gara malese sarà, probabilmente, quella che tutti ricorderanno maggiormente: siamo nel 1999, una stagione che ha regalato non pochi colpi di scena, come la vittoria a sorpresa di Irvine ad inizio stagione a Melbourne o il tragico incidente di Schumacher a Silverstone che lo ha tolto definitivamente dalla lotta al titolo piloti per via della frattura alla gamba. E proprio Schumacher, dopo una convalescenza durata quasi 3 mesi, ritorna a correre in Malesia, nella pista disegnata da Tilke che fa il suo esordio nel calendario mondiale. Il tedesco, ancora claudicante, decise infatti che era giunto il momento di tornare per aiutare Eddie Irvine nell’impresa di conquistare il mondiale. Pronti via e le qualifiche diventarono un vero e proprio show. Schumacher, su un circuito nuovo per tutti, segnò la pole position con un vantaggio abissale sul secondo classificato, ovvero Irvine. Alla partenza i giochi di squadra in casa Ferrari furono palesi. Schumacher diede strada al compagno di squadra e tentò di bloccare Coulthard. La manovra gli riuscì contro lo scozzese, ma ebbe seguito su Hakkinen. Irvine tirò comunque un sospiro di sollievo quando lo scozzese della McLaren fu costretto al ritiro, nel corso del quattordicesimo giro, per un problema tecnico. La gara vide Irvine passeggiare in solitaria, mentre Schumacher si calò perfettamente nell’insolita veste di scudiero dell’irlandese. Hakkinen invece si trovò in difficoltà, vedendosi bloccato dalla Stewart di Johnny Herbert che nel finale riuscì a sopravanzarlo, cogliendo il terzo gradino del podio.
Con questo risultato, Irvine balza in testa al mondiale piloti con 70 punti, contro i 66 di Hakkinen, un vantaggio importante in previsione dell’ultima gara di campionato a Suzuka, prevista due settimane dopo. Ma dopo una stagione pazza, poteva non succedere qualcosa anche in questo gran premio? La gioia della Ferrari si spegne qualche ora dopo, nelle verifiche tecniche del post-gara, quando i commissari evidenziarono una irregolarità nei nuovi deflettori di flusso laterali, introdotti nella gara precedente al Nurburging. Questi erano dotati di un disegno scavato che seguiva il profilo della scocca ed, al fine di rispettare il regolamento, alla base erano dotati di un profilo orizzontale a coltello. Nel corso delle verifiche i commissari riscontrarono che proprio il profilo a coltello non era regolamentare in quanto più corto di dieci millimetri. Una inezia che creò un tornado in casa Ferrari. Todt accusò una scuderia rivale (la McLaren, ndr) di aver fatto una soffiata ai commissari, a Ross Brawn non rimase che ammettere l’errore, sottolineando però come quel particolare non avrebbe potuto influire positivamente nelle prestazioni. La stampa, come sempre accade in questi casi, accusò i vertici di Maranello chiedendo le dimissioni di Todt. Il francese, rientrato in Italia, presentò le dimissioni sulla scrivania di Montezemolo, che furono rifiutate.
La Ferrari decise quindi di presentare ricorso alla FIA. Gli avvocati della Rossa, Henry Peter J.P. Martel e Michel Jockey, prepararono la memoria difensiva perfetta, scovando un comma del regolamento che permetteva una tolleranza minima di dieci millimetri. Il 23 ottobre 1999 la FIA accolse il ricorso dei legali di Maranello i quali, entusisti, dichiararono: “Siamo riusciti a reintegrare la Ferrari nei suoi diritti e a sancire che se qualcuno ha dei dubbi su una macchina, deve dichiararlo subito e non attendere la fine della gara. Siamo soddisfatti per essere riusciti a far dire al Tribunale che la Formula 1 non deve accontentarsi di giudizi o decisioni approssimative“. A seguito di questa decisione Irvine potè contendere il titolo fino alla successiva ed ultima gara di Suzuka, ma il suo sogno si interruppe proprio in terra giapponese.